Após a Mistério S/A – formada por Fred (Freddie Prinze Jr.), Daphne (Sarah Michelle Gellar), Velma ( Linda Cardellini), Salsicha (Matthew Lillard) e Scooby-Doo – resolver um caso em uma fábrica de brinquedos o grupo se desfaz, pois alguns dos membros não suportavam ver Fred creditando sempre para si os feitos mais difíceis. Eles ficam sem se ver por dois anos, até Emile Mondavarious (Rowan Atkinson), o dono de um parque temático chamado “A Ilha do Espanto”, contratar cada um deles para resolver um mistério envolvendo o parque.